1. Qualitat de l'aire: a causa del petit espai de l'hotel càpsula, la ventilació no és fàcil, la qual cosa pot provocar fàcilment una disminució de la qualitat de l'aire, la qual cosa augmenta la seguretat de la vida i els riscos per a la salut dels passatgers.
2. Problemes de privadesa: com que l'hotel càpsula és per persona, es poden produir problemes de seguretat i privadesa.
3. Instal·lacions i equipaments: l'ús dels hotels càpsula és molt reduït i, per tal de reduir l'espai, algunes instal·lacions i equipaments estan massa simplificats, cosa que pot no satisfer les necessitats dels viatgers.
